Apesar da enorme variedade de aplicativos disponíveis no Linux, sempre existem situações em que você precisa de algum aplicativo específico, ou precisa usar algum dispositivo que tem drivers apenas para Windows.
A solução mais comum para o problema é simplesmente manter uma instalação do Windows em dual-boot e usá-lo quando necessário. O grande problema com essa abordagem é que ela é bastante imprática, já que você precisa fechar todos os programas e reiniciar o micro cada vez que precisa usar alguma coisa no Windows.
Outra opção, cada vez mais comum hoje em dia, é usar o Windows dentro de uma máquina virtual. Essa é a opção mais prática para quem precisa executar apenas alguns aplicativos específicos, ou precisa do Windows apenas para testes (como um administrador de redes, que precisa testar todas os recursos da rede tanto no Linux quanto no Windows, ou um desenvolvedor web que precisa testar a visualização das páginas no Explorer) já que você pode rodar o Windows dentro de uma janela, sem precisar reiniciar o micro:
Embora hoje em dia usar uma máquina virtual seja algo corriqueiro, os softwares de emulação e virtualização passaram por uma longa evolução antes de chegarem ao que temos hoje.
Na verdade, quase tudo pode ser simulado via software: é possível até mesmo simular um computador de arquitetura diferente, para que os softwares escritos para ele rodem da mesma forma que rodam dentro do seu sistema nativo. Um dos exemplos mais conhecidos são os emuladores de videogames antigos, que permitem rodar jogos de Atari, Nintendo 8 bits, Mega-Drive, Super Nintendo, Playstation e outros, como o Zsnes, que emula um Super-Nes e o ePSXe, que emula um PS1:
Assim como é possível emular um videogame para rodar os jogos escritos para ele, é possível simular um PC completo e rodar outros sistemas operacionais, dentro de uma janela. Isso permite que você rode o Windows dentro do Linux ou vice-versa. Esse PC "de mentira" é chamado de máquina virtual.
O sistema principal passa então a ser chamado de "host" (hospedeiro) e o sistema dentro da máquina virtual passa a ser chamado de "guest" (convidado). Ele acha que tem um PC completo para si, quando, na verdade, está rodando dentro de uma "matrix", na máquina virtual.
Antigamente, usar uma máquina virtual resultava em uma grande perda de desempenho, já que o PC passa a executar dois sistemas em vez de um, consumindo mais memória e processamento. Entretanto, com as máquinas que temos hoje em dia isso deixou de ser um grande problema. Se seu PC tem 1 GB de RAM e usa um processador minimamente atual, você pode confortavelmente manter uma máquina virtual com o Windows XP aberta dentro do Ubuntu ou do Mandriva, por exemplo.
Além da praticidade, outra grande vantagem de usar o Windows em uma máquina virtual, em vez de mantê-lo em dual-boot, é a facilidade de fazer backups e restaurações da máquina virtual em caso de vírus ou problemas, já que você só precisa salvar uma cópia do disco virtual (ou criar um snapshot) e restaurar a VM quando qualquer coisa der errado. Ou seja, usando uma VM, você não precisa mais perder tempo reinstalando o sistema.
Além do Windows, é possível rodar outras distribuições Linux ou mesmo outros sistemas operacionais para micros PC (como o Sylabis, ReactOS, SkyOS e muitos outros sistemas "alternativos"), permitindo que você teste diversos sistemas, sem precisar ficar reparticionando o HD.
Note que o uso de virtualização resolve apenas o aspecto técnico da questão. Você continua tendo que ter as licenças das cópias do Windows e de outros sistemas que pretender instalar dentro da máquina virtual, caso contrário estará incorrendo em pirataria da mesma forma.
Uma observação com relação a isso é que muitos micros (e quase todos os notebooks) vêm com uma licença do Windows de qualquer forma, e esta é uma boa maneira de aproveitá-la sem sair do Linux, simplesmente usando o que você já pagou.
Veja clicando aqui, como instalar o Virtual Box
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